兼性厌氧菌（facultativeanaerobe）又称兼嫌气性微生物，兼嫌气菌。在有氧或无氧环境中均能生长繁殖的微生物。在有氧（o2）或缺氧条件下，可通过不同的氧化方式获得能量。如酵母菌在有氧环境中进行有氧呼吸，在缺氧条件下发酵葡萄糖生成酒精。许多肠道细菌，如大肠杆菌等均属此类。