质检部门对于市奶饮料质量进行抽查，50箱纯牛奶中有45箱合格，100箱酸奶中有90箱合格，因此，纯奶的合格率低于酸奶的合格率．错误
分析：根据合格率的计算方法为：合格率=×100%，分别求出纯奶的合格率和酸奶的合格率，然后进行比较即可．
解答：纯奶的合格率为：×100%=90%，
酸奶的合格率为：×100%=90%，
90%=90%，所以纯奶的合格率等于酸奶的合格率；
故答案为：×．
点评：这种类型属于合格率问题，有固定的计算方法，找清数据与问题，代入公式计算即可．