染色体结构变异和基因突变的主要区别有：
A．染色体结构变异是DNA上比较大的区段发生改变，而基因突变则是DNA分子上个别核苷酸的改变
B．基因突变可发生回复突变，染色体结构变异则不能发生回复突变
C．基因突变一般是微小突变，其遗传效应小，而染色体结构变异是较大的变异，其遗传效应大
D．染色体结构变异可通过细胞学检查进行鉴别，而基因突变则不能鉴别
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解析:
基因突变是指基因中碱基对的增添、缺失或者改变，只是个别碱基对的改变，这种微微小的突变难以用细胞学检查，而且突变可以回复；染色体结构变异是较大DNA区段改变，在显微镜下可以看到，因此可以用细胞学检查来进行鉴定。两者遗传效应的大小要看觉得的性状如何，不能简单地判断。