此题主要考查必修二中生物进化部分。生物进化的实质是种群基因频率的改变，故B选项正确，而变的是种群的基因频率，单位是种群，故改变的是种群的特征，而非个体，D选项错误；自然选择、迁入迁出等改变种群的基因频率即引起进化，故A选项错误；变异是不定项的，并具有多害少利性，此处的“害”与“利”即指能否适应所生存的环境，C选项错误。