普通的生物武器具有传染性强、污染面广、难以防治三大特点，但作为基因武器就是按照军事需要，利用基因工程技术对天然病原体进行基因改造，创造出新的生物制剂，它具有超强的抵抗力、致病性和耐药性等特点，使原有的检测、消毒、防治等方法失效。甚至还有可能根据特定人种生化特征上的差异，设计一种只针对特定遗传特征人群的致病菌，以达到有选择地杀死敌方有生力量的目的，从而克服普通生物武器在杀伤区域上无法控制的特点。因此，基因武器比一般的生物武器有更大规模的杀伤力和毁灭性。