基因突变能使基因的分子结构发生改变，产生新的基因和新的性状，也会使生物体的基因型发生改变；而基因重组并没有使基因的结构发生变化，也不能产生新的性状，只能产生新的基因型和新的性状组合。另外自然条件下的基因重组只发生在减数分裂过程中，而减数分裂是没有细胞周期的。