等位基因A与a的最本质区别是

C

解析试题分析：等位基因是位于同源染色体相同位置，控制相对性状的基因，而他们的本质区别在于基因片段中脱氧核苷酸的排列顺序的差别，也即碱基序列的不同。
考点：本题考查等位基因
点评：基因是具有遗传效应的DNA片段，故基因的差异就在于碱基序列的差异。