由原生动物（原虫）寄生于人、畜体内引起的疾病。
致病原虫的种类很多，其中以鞭毛虫纲的锥虫、毛滴虫，肉足虫纲的变形虫和孢子虫纲的疟原虫、梨形虫、球虫、弓形虫对人畜的危害性最大。