位于非同源染色体上的非等位基因的自由组合发生在

C

解析试题分析：在减数第一次分裂过程中，同源染色体配对，联会形成四分体。到减数第一次分裂后期时，等位基因会随同源染色体的分开而分离，非同源染色体上的非等位基因自由组合。故选C。
考点：减数分裂
点评：本题较容易，要求学生识记减数分裂的相关知识，了解减数分裂过程中染色体的变化。